近日，国家教育体制改革领导小组办公室正式批准《清华大学综合改革方案》和《北京大学综合改革方案》全面实施。这意味着，全国高等学校综合改革正式启动。清华大学、北京大学作为我国高等教育的排头兵和世界知名学校，其综合改革意义非凡，世人关注。对比清华和北大的综合改革方案，我们更加清醒地认识到，高等学校综合改革必须遵循高等教育发展规律和高等学校办学规律。
完善治理体系：两校改革侧重点和策略有所不同
制度和治理体系在学校发展中具有全局性、根本性和长期性的作用。完善中国特色现代大学制度和治理体系，就是推进我国大学制度和治理体系的现代化，这既是推进国家治理体系和治理能力现代化的要求，也是深化高等教育领域综合改革、推进高等教育现代化的迫切需要。北京大学、清华大学在改革方案中都提出了“建立完善的中国特色现代大学制度和治理体系”的目标和方向，只是实现这一目标的侧重点和具体策略有所不同。
北京大学提出形成以章程为核心的健全、规范、统一的制度体系，按照《北京大学章程》对各类规章制度进行合章性审查，并筹备成立章程委员会、监察委员会并重组校务委员会，从而推进依法治校进程。学术委员会是高等学校内部治理的学术中枢。目前，我国很多高校虽然依法依规设立了学术委员会，但其基本上只是行使某些方面的单一的学术权力，而其他学术权力则分散在依托学校行政职能部门设立的各种专门委员会。学术权力行使的高度碎片化和行政部门化是我国高校学术权力行政化的重大原因。此次北京大学颁布实行新版《北京大学学术委员会章程》，推进学术委员会改革，确立学术委员会为学校“最高学术机构”，改革学术委员会的组织管理体制，设立了专门工作委员会和独立的办事机构，建立委员选举制度和自动更替制度，从而健全了学术治理体系和组织架构。
目前，我国高校虽然建立了学院制度，但学校与学院的关系一直没有理顺，高校中校、院、系的直线职能式组织架构，基本上属于行政系统和生产企业所用的科层式管理体制，没有体现学术单位的管理特点。如何完善我国高校院系治理模式，是新时期高校内部治理的一个重点。北京大学提出扩大院系治理自主权，并开展院长(系主任)公开选聘试点工作;清华大学也提出理顺校院关系，强化院系作用。
去行政化改革是建立现代大学制度和完善治理结构的应有之义。去行政化的关键是健全对行政权力的监督约束，严禁利用行政权力去获取学术资源。因此应明确学术事务与行政事务的界限，健全不同事务的决策和执行机制，完善保障学术权力的管理制度，规范职能部门的职权。清华大学提出根据学校作为学术组织的要求和教学科研工作特点，改革学校职能部门设置方式，由面向政府部门转变为面向教学科研要求和师生需求设立和调整，减少管理层级，并强化各级职能部门的服务职能，建立同世界一流大学相适应的管理和服务体系。
通识教育：北大重课程建设，清华重“三位一体”
在我国高等教育大众化深入推进的背景下，研究型大学的本科教育究竟是传统意义上的专业教育还是通识教育。对于这一问题，实践界和理论界近年来进行了深入的探索和研究。此次北京大学、清华大学将本科教育的性质界定为通识教育基础上的专业教育，坚持通识教育与专业教育相结合、相融合，这是对本科教育定位认识的重大突破，引领了新时期研究型大学本科教育的改革方向。
北京大学在“本科生素质教育通选课”基础上积极建设本科生“通识教育核心课程”，在元培学院建设“整合科学”、“数据科学”等跨学科专业，不断总结经验并继续推广本科基础课程的“大班讲授、小班研讨”模式，实施和完善“本科生研究性学习”，完善学科大类课程平台建设，为学生拓宽视野、开展跨学科学习提供空间。从而完善“加强基础、重点选择”的多样化人才培养体系，构建起充分激发学生潜能与创造力的本科教育体系。
清华大学提出激发学生的学术志趣，实施以学生学习成效为导向的教育，实现知识传授、能力培养和价值塑造“三位一体”的人才培养机制和模式，通识教育坚持“中西融合、古今贯通、文理渗透”的办学理念，建设通识教育核心课程，实施小班讨论，提高学生在通识阶段的学习成效。
北大、清华所倡导的小班研讨与研究性学习，既是借鉴美国大学的小班课、牛津大学和剑桥大学的导师制(tutorial)和德国大学的研讨课(seminar)，也是对中国古代书院传统的继承和复兴。古代书院强调师生讨论、教学相长，教学多采用问难辩论式，以启发学生思维;提倡学生读书钻研，培养学生的自学能力;书院内师生关系融洽，感情深厚;书院名师不仅以渊博的学识教育学生，更以自己的品德气节感染学生。
人事制度改革：两校均实施“预聘—长聘”制度
教师是大学发展的核心，应用人力资源理念而非传统的人事管理观念来认识教师队伍建设和人事制度改革，合理规划教师队伍布局，改革岗位聘任和薪酬体系，通过制度设计激励那些形成竞争优势的教师的行为，最大限度地实现教师人力资源的保值和和增值。
北大、清华建立教师队伍分系列管理改革，分为教学科研系列、教学系列和科研系列，实行岗位分类管理，建立分类评价体系，制定薪酬分类制度，符合现代大学教师队伍发展趋势。通过分系列管理和分类聘任制度有助于进一步激活各类人才潜力并发挥其效力。
为了建设一支具有国际竞争力的高水平师资队伍，北大、清华实施了“预聘—长聘”制度。国际上存在美国高校教师的“长聘制度”和欧洲大学教师“梯队制”这两种类型的师资队伍建设模式，虽然“梯队制”有利于发挥资深教授的核心作用，但它不利于青年教师的脱颖而出，不利于青年教师在最具有创造力的年龄充分发挥其潜力和聪明才智。而长聘制就是要求预聘教师在经历五六年的考核期后才能成为长聘教师。预聘阶段压力很大，这是在学术潜力最佳年龄段给予较大压力，促使青年教师发挥其最大潜能。经过预聘考核留下来的长聘教师的学术水准和研究能力应该是比较优秀的，其以后从事学术研究也具有较为宽松的环境，有利于开展周期较长、创造性较强的工作。
学术原始创新：北大试点国际同行评议，清华重视跨院系研究
要实现建设世界一流大学的奋斗目标，需要进一步提升“学术原始创新能力和服务国家重大需求能力，使一批学科步入世界一流行列”。为此，北大、清华提出优化学科布局，建立完善的学科发展机制，加强学科布局的顶层设计与战略规划。
北大在11个院系试点开展国际同行评议，以评估促进学科健康发展。从知识发展规律看，学术创新和新的知识增长点来自于学科交叉和知识集成。我国高校现有的自由松散的管理模式，以院系为主的资源配置模式和以论文为主的评价激励机制不利于学术创新。因此，需要改革现有的科研组织形式，建立学科交叉研究平台，成立面向重大科学技术问题、重大经济社会问题的跨院系研究机构，以培育学科建设和学术研究的新增长点。北京大学探索建立了理工医结合的创新研究机制，启动了“分子学科协同创新中心”“国际战略研究协同创新中心”等机构。北京大学、清华大学推动学科交叉融合创新，既体现了以综合优势推动自身学科跨越式发展、推动原始创新研究的要求，又是学校服务国家战略需求、以高水平科学研究服务国家发展的责任。