1998年5月，江泽民同志在北京大学百年校庆大会上提出“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”，教育部自1999年起分别与部分省、市地方政府签订合作协议，分批将39所国内知名高校列入国家跨世纪重点建设的高水平大学名单，由国家、地方以及相关部委共同出资建设。列入“985工程”院校的名单如下：
北京
清华大学
北京大学
中国人民大学
北京师范大学
北京理工大学
中国农业大学
北京航空航天大学
上海
复旦大学
上海交通大学
同济大学
华东师范大学
天津
南开大学
天津大学
重庆
重庆大学
浙江
浙江大学
江苏
南京大学
东南大学
陕西
西安交通大学
西北工业大学
西北农林科技大学
辽宁
东北大学
大连理工大学
湖南
中南大学
国防科技大学
湖南大学
四川
四川大学
电子科技大学
吉林
吉林大学
福建
厦门大学
山东
山东大学
中国海洋大学
湖北
武汉大学
华中科技大学
广东
中山大学
华南理工大学
安徽
中国科学技术大学
黑龙江
哈尔滨工业大学
甘肃
兰州大学